June 23, 2021

De New York à Tokyo, un atlas des microbes du métro

jet il y a des germes et des virus dans les transports en commun : ce n’est pas surprenant, encore moins depuis l’épidémie de Covid-19 dans nos vies. Qui plus est, chaque ville a sa propre empreinte microbienne, une signature qui lui est propre, comme le révèle une étude publiée le 26 mai dans la revue scientifique. Cellule. Le mélange de micro-organismes n’est donc pas le même à Paris, Tokyo, Londres, Sydney ou Rio de Janeiro.

“Donnez-moi votre chaussure et, si je la séquence, je pourrais probablement vous dire d’où vous venez dans le monde”, assure le New York Times Christopher E. Mason, le généticien qui a dirigé cette recherche à grande échelle. Avec cette étude, qui a mobilisé 900 chercheurs et volontaires, les scientifiques sont désormais en mesure d’identifier la provenance d’un échantillon avec une précision de 88 %.

Si vous prenez le métro à New York par exemple, il y a de fortes chances que le cocktail de micro-organismes qui se trouve sous votre semelle soit riche en « Vérification de Carnobacterium », Une bactérie productrice d’acide lactique très tolérante aux basses températures, note la revue La science. Plus généralement, la composition des profils microbiens des transports dans les villes d’Amérique du Nord et d’Europe diffère de celles d’Asie de l’Est, tandis que les transports urbains plus proches de l’équateur sont plus diversifiés. microbien que ceux qui en sont éloignés. Géographie, climat ou encore mode de vie… Les chercheurs veulent désormais comprendre quels sont les facteurs qui donnent à chaque ville sa « signature » spécifique.

« De nouvelles formes de vie »

Pour arriver à ces premiers constats, des chercheurs du consortium international MetaSUB (Metagenomics and Metadesign of Subways and Urban Biomes) ont réalisé des prélèvements dans les transports publics dans près de soixante villes et sur six continents pendant deux ans, de 2015 à 2017. Près de 4 800 prélèvements ont été collectés avec des écouvillons frottés sur les tourniquets, aux distributeurs de billets, sur les bancs des stations de métro, ou encore sur les barres des voitures de métro. Et pour les villes qui n’ont pas de réseau souterrain, des échantillons ont été prélevés dans les bus et les trains.

En plongeant dans les entrailles des centres urbains, l’équipe de scientifiques a découvert « Une étendue et un trésor de nouvelles formes de vie », explique Christopher E. Mason, fondateur du consortium MetaSUB. « Les balustrades et les bancs de nos villes ont parfois autant voire plus de diversité que ce que l’on trouve dans une forêt tropicale », ajoute le professeur de génétique, physiologie et biophysique à l’université de New York Weill Cornell Medicine.

Avec ces milliers d’écouvillons, les chercheurs ont réussi à créer un atlas de « Les écosystèmes microbiens en milieu urbain », disponible en ” données ouvertes ” : tout le monde peut y accéder librement. « Ces données seront analysées pendant des décennies », se réjouit Adam Roberts, microbiologiste à la Liverpool School of Tropical Medicine, interrogé par La science. Pour Erica Hartmann, microbiologiste à la Northwestern University citée par le New York Times, cette recherche est une formidable contribution scientifique : « C’est énorme. Le nombre d’échantillons et la diversité géographique des échantillons… C’est du jamais vu. “

Les résultats de ces échantillons, prélevés entre 2015 et 2017, sont disponibles en « open data ».  Ici, un des échantillons prélevés à Paris, à la gare d'Austerlitz.

Pas nécessairement des agents pathogènes

Mais si les chercheurs du consortium international ont pu identifier 4.246 espèces de micro-organismes déjà connus, leurs découvertes ne s’arrêtent pas là. Près de 11 000 virus et 748 bactéries jamais référencés jusqu’à présent ont également été identifiés après extraction et séquençage de l’ADN de chaque échantillon. Une nouveauté qui nécessite désormais des recherches plus poussées pour connaître leur impact sur notre santé. « La crise du Covid-19 a mis en évidence la nécessité d’une surveillance microbienne étendue », peut-on lire dans l’étude, qui continue :

La cartographie génétique microbienne des environnements urbains fournira des outils aux responsables de la santé publique pour évaluer les risques, cartographier les épidémies et caractériser génétiquement les espèces problématiques.

Décryptage : Les compagnies des eaux commencent à suivre les variantes dans les eaux usées

La grande majorité des organismes identifiés présentent cependant peu de risques pour l’homme, selon les experts. Bien que la fonction et la source de bon nombre de ces microbes restent inconnues, il n’y a pas lieu de s’inquiéter, selon David Danko, directeur de la bioinformatique pour MetaSUB. Les germes font partie de notre quotidien et nous sommes en contact permanent avec eux. “Ils appartiennent à l’écosystème dans lequel nous vivons en tant qu’êtres humains”, se souvient-il encore. “La plupart d’entre eux ne sont pas des agents pathogènes, ils sont probablement inoffensifs et certains peuvent en fait être bénéfiques”dit Noah Fierer, microbiologiste à l’Université du Colorado à Boulder.

En attendant d’en savoir plus, l’équipe de chercheurs, armée d’écouvillons stériles et de tubes de prélèvement, poursuit ses récoltes dans les métros du monde entier. Ils prévoient d’étendre leurs recherches sur les eaux usées, apprend-on Nouveau scientifique. Ce travail sur les « signatures urbaines » des micro-organismes doit se poursuivre afin de comprendre comment ils influencent notre santé et pourraient, enfin, se voient utilisés dans des enquêtes médico-légales.

Voir le blog de Sylvestre Huet, Science2 : Pourquoi et comment traquer le coronavirus dans les eaux usées

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